磺化Cy染料指在普通Cy染料的发色团上加入磺酸基团增加了染料的水溶性

    磺化Cy染料是在普通Cy染料的发色团上加入磺酸基团从而大大增加了染料的水溶性。另外磺化Cy染料还稍微提高了染料的光学稳定性和量子产率，因此磺化染料更耐受光照，发出的荧光也稍强一些。由于磺酸盐的原因，这类染料的水溶性非常高， 在标记反应中不需要加入任何有机溶剂助溶，另外标记上去的染料分子由于水溶性好不会聚集，也不会影响被标记大分子的稳定。

    目前为华生物可提供的磺化Cy染料包括sulfo-Cy3，sulfo-Cy3.5, sulfo-Cy5, sulfo-Cy5.5, sulfo-Cy7和sulfo-Cy7.5。磺化Cy染料的荧光谱图（包括激发峰和发射峰）发生了非常细小的蓝移，这是一个非常普遍的现象，比如Rhodamine 123 到Alexa Fluor® 488，这个蓝移非常小，蓝移后激发峰和发射峰仍在仪器的检测范围之内，所以不影响使用，也不必改设仪器参数。

    尽管普通Cy和磺化Cy染料在荧光光学性质上非常相似，但它们在适用条件和标记方法上仍有所不同。普通Cy染料水溶性低，必须预先溶解在有机溶剂（比如DMF或DMSO）中，然后加入到标记反应体系中，有机溶剂在有机/水混合溶剂中的含量需要达到10-15%（体积比率）才能保证染料不析出。

但是磺化Cy染料在水中溶解性很好，可直接在水溶液（比如PBS缓冲液）中标记，因此特别适用于蛋白等对有机溶剂敏感的标记对象。如果希望反应后通过透析的方式纯化，务必使用磺化-Cy染料，磺化-Cy染料溶于水，多余的染料可以被透析出。如果通过离子交换树脂、电泳、凝胶过滤法纯化，普通Cy和磺化-Cy都适用。

    为华生物CY系列荧光染料的衍生材料有：
DOPE-CY5.5 二油酰磷脂酰乙醇胺-CY5.5

DOPE-PEG-CY5 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇CY5

DOPE-EPG-CY3 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇-CY3

DOPE-EPG-CY7 二油酰磷脂酰乙醇胺-聚乙二醇-CY7

DSG-PEG2000-CY7 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇 2000-CY7

DSG-PEG-CY5二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY5

DSG-PEG-CY3 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY3

DSG-PEG-CY5.5 二硬脂酰-rac-甘油-聚乙二醇-CY5.5

PLGA-CY7 聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）CY7

PLGA-PEG-cy5 CY5-聚乙二醇-聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）

PLGA-PEG-CY7 CY7-聚乙二醇-聚（D,L-丙交酯-co-乙交酯）

DSPE-PEG-CY5/CY5.5/CY3/CY7/CY3.5

Cy5-PEG-Silane cy5-聚乙二醇-硅

叶酸-PEG-cy3

RB-PEG-多巴胺

CY5-PEG-多巴胺

CY5.5-PEG-COOH/nh2/mal/叠氮N3

CY3/CY5.5-PEG-Mal CY3/CY5.5-聚乙二醇-马来酰亚胺

CY5/CY5.5-PEG-OPSS CY5/CY5.5-聚乙二醇-巯基吡啶